29.1.07

ERV:t, nuo vekkulit velikullat

Luettuani Darwin Awards 4 - kirjan, huomasin kirjan sisältävän erinomaisen tekstin endogeenisistä retroviruksista. Stephen Darksyde, tiedetoimittaja, on perehtynyt aiheeseen ollessaan pahan flunssan kourissa. Käännän kohokohdat hänen tekstistään sivulta 150-154 ja teen jotain omia lisäyksiä, jotta sinä, rakas lukija, oppisit jotain uutta.

Endogeenisistä Retroviruksista oli juttua viime viikolla, mutta haluaisin kertoa niistä lisää. Kyseessä kun on niin kaunis tapa perustella miksi lajien välinen polveutuminen on faktaa kaikkien ajattelevien ihmisten parissa. Kyseessä on siis virus. Ei ole tarkkaa tietoa mistä ja miten ne ovat ilmestyneet, mutta ne ovat täällä. Ja ne haluavat vallata solusi! Virus kiinnittyy soluseinään ja ruiskauttaa (monin eri tavoin) solun sisään jotain ikävää. Tämä ikävä yllätys ottaa valtaan solun geneettisen koneiston ja solu alkaa tuottamaan lisää viruksia. Jotka sitten valtaavat uusia soluja. Tämän takia saat virustartunnoista kuumetta, tai spektaakkelimaisemmissa tapauksissa veri lentää jokaisesta ruumiinaukostasi.
Retrovirukset ovat oma tapauksensa.

Retrovirus; ryhmä eläinten RNA-viruksia, joiden elämänkiertoon kuuluu RNA-genomin kopioituminen DNA:ksi isäntäeliön solun käänteisessä transkriptiossa.
-Biologian sanakirja, Otava

Ilman sen kummempia höpinöitä, retrovirus jättää RNA jälkiä niihin soluihin joita se on raiskannut. Ne jättävät pätkän itsestään DNA:han, ja täten myös kromosomeihin. Pätkät voivat uinua vuosia ennen kuin ne aktivoituvat. Sitten ne pätkät tekevät lisää RNA:ta joka kopioituu DNA:han, kunnes solu hajoaa palasiksi. Hajonneesta solusta purkautuu RNA retroviruksia jotka pääsevät leviämään viereisiin soluihin. Wheee!

Joskus käy niin etteivät uinuvat RNA-pätkät "herää." Tarttumista ei siis enää tapahdu. Piilevän viruksen osia on pitkin genomia. Nekin voivat aiheuttaa ongelmia. Nämä osuudet voivat häiritä avaingeenien toimintaa; hallitsematonta kopioitumista voi tapahtua, ja siitä seuraa syöpä. Tai vaikka mitä kivaa, mutta solujen omistajan kannalta haitallista. Kuitenkin retrovirus istua jököttää kromosomissa, huomaamatta.

Sitten kuvioon astuu perinnöllisyys. Joskus retrovirus pääsee saastuttamaan muna- tai siittiösolun. Silloin uinuva RNA-pätkä siirtyy seuraavalle sukupolvelle, ja bonuksena tuo jälkipolvi saa pätkät jokaiseen soluunsa. Tästä retrovirus pääseekin leviämään ajan vieriessä yhä useampiin, ja lopulta sitä löytyy kaikista lajin yksillöistä. Nämä muinaisen virustartunnan jäljet ovat endogeenisiä retroviruksia, ERV.

Jos kahdelta ihmiseltä löytyy ERV samasta kohtaa DNA:ta, kyseessä on kaksi ihmistä joilla on yhteinen esi-isä. Tämä kelpaa todisteeksi oikeussaleissa. Kaikilla ihmisillä on monia yhteisiä ERV:tä identtisissä paikoissa. Tämä ei ole yllätys. Jopa kreationistit hyväksyvät sen, että kaikilla ihmisillä on yhteinen esi-isä. Mutta kas kummaa! Ihmisillä ja simpansseilla on yhteisiä ERV:tä. Jos identtiset ERV:t kelpaavat lakituvissa evidenssiksi yhteisestä sukulaisuudesta, niin ERV:t ovat yhtä vakuuttavia ihmisten ja Tarzanin ystävien kanssa.

Ihmisten ja simpanssien geenisekvenssejä on selailtu jo vuosikymmenen ajan, ja sieltä on löydetty tusinan verran eri ERV:tä (satoja kopioita jokaisen kohdalla) identtisiä genomeissa, täsmälleen samoissa paikoissa. Kun näistä sekvensseistä lasketaan niiden tartunta-aika, niin ne kertovat yhteisestä esi-isästä 5 - 7 miljoonaa vuotta sitten. Tämä täsmää muiden molekyyli haarautumistutkimusten ja fossiilien kanssa.

Eikä siinä vielä kaikki!

Kun kuvioihin otetaan hiirien geenisekvenssit, ja verrataan niitä ihmisten ja simpanssien vastaaviin. Ihmisissä ja simpansseissa sekvenssit ovat aavistuksen erilaisia verrattuna hiirten sekvensseihin. Erilaisia sillä tavalla, että sekvenssit ovat päällekirjoitettuja. Samalla tavalla kuin vanhalle CD-levylle on poltettu uutta musiikkia. Juuri näin pitäisikin olla jos ihmisten ja simpanssien esi-isät haarautuivat lähempänä nykyaikaa kuin kädellisten ja jyrsijöiden vastaava haarautuminen omiksi oksiksi.

Kreationistit vihaavat ERV:tä. Yleensä ne vain ignoroidaan tai sitten niitä kutsutaan "intelligent common design"-termillä ja teeskennellään sen ratkaisevan asia älykkään suunnittelun eduksi. ERV:llä ei ole toistaiseksi havaittu mitään toimintoja ihmisten kannalta. Ne koodaavat vain virusproteiineja joita vain virukset käyttävät. Vaikka niillä olisi meille jotain edullisia toimintoja, niin common descent selittäisi kuinka ne ovat päätyneet molempiin lajeihin. Todennäköisyys kahdelle eri lajille saada identtiset virusjäljet, identtisiin kohtiin kromosomeissa, on waltava: yhden suhde ykköseen jota seuraa about sata nollaa. Voitat ennemmin kymmenen lottoa peräkkäin kuin saat tusinan verran erilaisia ERV:tä satoihin samoihin kohtiin geeneissäsi.
Tässä vaiheessa kreationistin täytyy keksiä lista ad hocceja joilla hän voi yrittää lakaista ERV:t maton alle. Kokeilen kerätä heidän selityksiään seuraavaa evoluutio-juttuani varten.

3 comments:

Paholaisen Asianajaja said...

Abbie Smithin blogissa on lista yleisistä vastalauseista ERV:tä vastaan:

http://endogenousretrovirus.blogspot.com/2007/07/index-to-common-creationist-claims.html

TJT2 said...

No emme todellakaan vihaan, kts
http://www.answersingenesis.org/docs2006/1219herv.asp
ja
http://www.answersingenesis.org/articles/am/v1/n2/were-retroviruses-created-good

Paholaisen Asianajaja said...

Kiitos, TJT!

Ensimmäinen linkki näyttäisi argumentoivat sitä, että ERV:llä onkin toimintoja, joten ne voidaan tulkita Jumalan työkaluiksi. Ja he ovat oikeassa. ERV:t vaikuttavat monissa eri taudeissa; syöpää, psoariasta, lupusta, jne. Ja tietenkin joskus geenien säätelyssä. Tätä "ERV:llä on toimintoja"-argumenttiä käsitellään Abbie Smithin blogissa:

http://endogenousretrovirus.blogspot.com/2007/07/ervs-are-functional.html

Kannattaa muistaa, että ERV:tä ei käytetä evidenssinä yhteiselle polveutumiselle niiden toimimattomuuden (ei-funktiota) takia.

Toisessa linkissä näyttäisi olevan sama argumentti. Jotkut ERV:t tekevät jotain hyödyllistä:

"Conclusion
Rather than being added on during evolution by accidental endogenization of exogenous infectious agents, at least some ERVs must have been incorporated into the initial design of eukaryotic life. ERVs with fixed chromosomal positions are more likely integral parts of the host genome created in the host, while the more intact ERVs with positional polymorphism may be germline copies of exogenous viruses. The degenerative nature of mutation forbids the evolution of infectious viruses from ERVs. Exogenous viruses might have been created simultaneously with their endogenous counterparts during the Creation Week. Transmission and propagation of infectious retroviruses among the host population could have helped in maintenance of the endogenous viral sequences via recombination, in a way similar to recombinational DNA repair and modern gene therapy. (Indeed, retroviruses have been used as the classic vectors in gene therapy because of their ability to integrate into host chromosomes.) Interactions between endogenous and exogenous retroviruses may have been perfectly regulated at the time of creation."


Toki linkissä kerrotaan myös retrovirusten rooleista eri eläinten istukoissa. Eri eläimillä samaa asiaa hoitaa erilaiset ERV:t. Kuten eri eläimillä on erilaisia silmiä, mutta kaikilla näkee.

Loppuun vielä Abbien yhteenveto noista AiG-linkeistä:

http://endogenousretrovirus.blogspot.com/2007/05/id-vs-ervs-part-twelve-what-are-yecs_21.html

Oliko AiG:n teksteissä joku yksinkertainen keino selittää miksi ERV:t eivät kerro yhteisestä polveutumisesta? Jos siitä ei olisi kova vaiva, niin voisitko ystävällisesti muotailla sen suomeksi?