27.4.10

Kreationistien meemi: Toimiva roska-DNA

Kreationistien teksteissä ponnahtaa aina välillä pintaan roska-DNA. He huomauttavat, että evolutionistit/darwinistit ovat johtaneet tieteellistä tutkimusta harhaan, sillä evo-oletuksien perusteella uskottiin roska-DNA:n olevan täysin hyödytöntä. Sitten levitellään tuoretta tiedeuutista, jossa roska-DNA:lla todetaan olevan jokin toiminto. Joten tiedemiesten olisi kannattanut avata Raamattu ennen tutkimusten jatkamista. Tässä pari näytettä kreationistien roska-DNA meemistä.


Tutkimusten perusteella arvioitiin, että 98 % ihmisen ja joidenkin muiden eliöiden DNA:sta olisi hyödytöntä. Evoluutioteorian vaikutuksesta selitettiin, että tuo osa DNA:sta oli lajikehityksen aikana hyödyttömäksi jäänyttä "roskaa." Tämä oli yleinen ja vakiintunut evolutionistien selitys.

Jälleen kerran kuitenkin darwinismiin perustuva oletus osoittautui täysin vääräksi. Havaittiin, että tällä aiemmin "roska-DNA:ksi" määritellyllä oli merkittävä tehtävä elimistössä eräiden tärkeiden RNA-molekyylien tuottamisessa.

Jotkut tutkijat kommentoivat tätä, että tässä oli klassinen esimerkki siitä, mitenkä puhdasoppisuus (darwinistinen) syrjäyttää tosiasioiden puolueettoman analysoinnin, tässä tapauksessa vielä lähes neljännesvuosisadaksi.

Ahdas, kaavoihin kangistunut evoluutiouskon dogmaattisuus siis johtaa usein vain harhaan.


Vesa-A


Teorian ennusteiden puutetta kuvaa hyvin se, että kun roska-DNA:n vielä luultiin olevan roskaa, sitä pidettiin evoluution ennusteena, koska evoluutio on tuhlaileva. Nykyään roska-DNA:ta ei ymmärretä roskaksi ja sille paljastuu jatkuvasti säätely ym. toimintoja. Koska evoluutioteoriasta halutaan pitää kiinni, itse ennusteesta on luovuttu.


Älykkään suunnitelman idea


Remember the dark days of vestigal organs? You know, back when there was a list of 180 vestigal organs? Or remember the days of junk DNA – when repetitive DNA, large regions of non-protein-coding DNA, and all sorts of mobile DNA were assumed to be non-functional simply because the investigators had assumed Darwinism rather than design?


Uncommon Descent

Ja niin edelleen.

Joskus kreationisti voi väittää, ettei roska-DNA:ta ole edes olemassa. Kaikella perimään laitetulla on jokin tarkoitus, sillä se on Jumalan tekemää.

Jotta voisimme ymmärtää kreationistien mokan täytyy meidän tutustua roska-DNA:n määritelmään, erilaisiin "roskiin" ja siihen miten roska-DNA:ta on käsitelty tutkijoiden parissa. Varsinkin siihen miten evoluutioteorian pohjalta on tulkittu tarpeettomiksi todettuja DNA-pätkiä.

Roska-DNA tuli ensimmäistä kertaa esiin sanana tohtori Susumo Ohmon paperissa. Se julkaistiin 70-luvun alussa. Ennen ideaa itsekkäästä geenistä ja pseudogeenien löytämistä. Ohmo käytti roska-DNA:ta väliaikaisena terminä niille geenisekvensseille joilla ei ollut havaittavaa toimintoa. Hän ja kaikki muut tutkijat tiesivät, etteivät he olleet vielä päässeet tutustumaan edes havaittavien toimintojen monimutkaisiin hienouksiin kunnolla. Ohmo esitti, että nämä turhat pätkät (duplikaatiot) voisivat olla uusien geenien rakennusmateriaalia. Hän myös pohti miksi genomin koko ja eliön monimutkaisuus eivät kulkeneet käsi kädessä.

On väärin väittää, että roska-DNA:n toimimattomuus/hyödyttömyys olisi ollut ennuste. Asia on toisinpäin. Roska-DNA:n toimimattomuus oli johtopäätös. Tutkijat pystyivät havaitsemaan ja tulkitsemaan DNA-pätkiä. Ei-koodaavien pätkien sisältö ja sijainti vaihteli rajusti. Ne myös poistuivat perimästä deleetiomutaatioiden kautta. Eikä eliö kärsinyt. Roskaksi luetellaan mm. pseudogeenit (pilalle menneet geenit), retrovirusten jättämiä jämiä, jne. Roska-DNA:n toimimattomuus oli vankimmillaan juuri ei-koodaamisen suhteen, mutta jätti avonaiseksi muut toiminnot.

Varmistaakseen ettei asioissa hutkita, ovat jotkut uskaltaneet tutkia vielä tarkemmin sitä minkälaisia koodaamattomia pätkiä voidaan poistaa ilman seuraamuksia.


"It is widely believed that the most evolutionarily conserved DNA sequences in the human genome have been preserved because of their functional importance and that their removal would thus have a devastating effect on the organism. To ascertain this we removed from the mouse genome four ultraconserved elements—sequences of 200 base pairs or longer that are 100% identical among human, mouse, and rat.
To our surprise, we found that the mice lacking these elements are viable, fertile, and show no apparent abnormalities. This completely unexpected finding indicates that extreme levels of DNA sequence conservation are not necessarily indicative of an indispensable functional nature."


Lyhyesti: Joitain koodaamattomia DNA-pätkiä (jopa sellaisia joita valinta suosii) voidaan poistaa ilman haittavaikuksia. Niillä ei ole toimintoja. Kaiken kaikkiaan tutkijoiden kannalta on perusteltua tulkita toimitattomilta näyttäviä pätkiä toimimattomiksi.

Miksi darwinistit olisivat ennustaneet, että koodaamattomilla osilla ei ole toimintoja?

Alusta lähtien tutkijoiden parissa pohdittiin toimintojen merkitystä. Joidenkin ei-koodaavien osien selvä säilyminen DNA:ssa sukupolvesta osoitti, että jokin valintapaine suosi niiden säilyttämistä. Tästä seurasi loogisesti, että ei-koodaavista osista on jotain hyötyä DNA:lle. Koodaamattomilla pätkillä voisikin olla toimintoja! Nämä päättelyt tehtiin jo 70-luvulla. Siitä lähtien niitä toimintoja on etsiskelty.

Myös Ernst Mayr totesi What evolution is-kirjassa sen mitä kaikki luonnonvalintaa palvovat päättelivät:


There is widespread belief among Darwinians that such apparently unnecessary DNA wouldhave been eliminated long ago by natural selection if it did not have some, as of yet undiscovered, function.


Kerrataan vielä. 70-luvulla tiedettiin, että joillain ei-koodaavilla geenisekvensseillä (joita on erityyppisiä) ei ollut selvästi havaittavaa toimintoa. Samalla tiedettiin, että samoissa sekvensseissä on osioita, jotka ovat konservatiivisia, eli valintapaine suosii niiden säilymistä. Tästä pääteltiin evoluutioteorian pohjalta, että niillä on todennäköisesti jokin toiminto. Sitten niitä alettiin etsimään. Nyt ei-koodaavissa sekvensseissä on sellaisia pätkiä joille on löydetty toimintoja. Ja sellaisia pätkiä joilla ei voi olla toimintoja (ne jotka voidaan poistaa).

Mutta emme voi syyttä pelkästään kreationisteja tämän asian unohtamisesta. Vastaavia virheväittämiä roska-DNA:n täydellisestä toimimattomuudesta on joskus ollut ihan oikeissa tiedeuutisissa. Niin käy kun perehdytään vain oppikirjoihin eikä seurata alan tutkimuksia.

Toisaalla on IDeistien hämmästyttävä toteamus siitä, että suunnittelijakin olisi voinut laittaa roskaa DNA:han. Se sisältyy optimaalisen suunnittelun selittämiseen älykkään suunnittelun näkökulmasta. William Dembski kirjoitti:


Dead code is code that was written into the program in high level programming language, either erroneously, or originally, for some now redundant purpose (such as testing other code), and remains in the program source code doing nothing. Modern compilers, programs that convert source code into computer-interpretable code, usually strip out such unused code during the process of compilation, analogous to the way in which DNA polymerase excises introns (non-coding sequences) out of a gene and splices together its exons (coding sequences) when transcribing to mRNA. However, the dead code can happily sit in the source code (as perhaps can the ‘junk’ DNA stay in the DNA) forever - doing nothing but causing confusion to later intelligent observers - engineers who must update the program for example.

Sometimes software engineers will leave code that is not dead code, but does not perform a function, in the source code intentionally. Such code is sometimes called a stub, and is incorporated for the purposes of extensibility - extending the capabilities of the code later on. The code is correct and required effort to produce, was deemed unnecessary to the current version of the software, but is desirable to add functions to the next version, and therefore is purposefully left in - by design. Of course, depending on a number of factors - whether requirements for the next version of the software change or other software makes it obsolete before the next version - even code for extensibility might never be used. There are many other examples of code, that might never actually be used, being purposefully incorporated into software programs. Take interface code for example. Software engineers might build software A to talk to or interoperate with software B written by other software engineers. The source code that facilitates this interoperability is called interface code. However, if the software B project is cancelled, then the interface to B from A will likely never be used, but might never be removed. This is just another example of designed flaws or non-optimal design by intelligent designers.

It is also noteworthy that in computer science and engineering, what is actually considered optimal is contingent on many factors relating to the requirements for the design (what people need or want it to do) and how powerfully the design must implement functions to cater for those requirements. For example, the speed of a software module that runs a screensaver is likely to be considered optimal at a much lower bit-rate than one that renders visual radar feedback on the space shuttle.

Ultimately, of course, software engineers are imperfect designers with limited capabilities operating in imperfect conditions (budget, fatigue and delivery schedules etc.), and so no rational person expects their designs to be perfect, flawless, or even necessarily optimal (although they may converge on some of these some of the time). However, even a putatively perfect or superhuman intelligent designer - one capable of designing the biochemical underpinnings of life - is arguably not required to produce perfect, flawless or optimal designs.
Älykäs suunnittelija olisi siis aivan hyvin voinut jättää eläinten perimään "kuollutta koodia." ID:n pohjalta voimme ennustaa, että DNA:ssa ei ole mitään turhaa ja DNA:ssa on jotain turhaa.

Toisaalta täytyy muistaa, että kreationistien idea roska-DNA:n universaalista toimivuudesta ei ole heidän yksinoikeutta. Se sopii ultradarwinistien ääriadaptationismiin. Suomeksi: Luonnonvalinta toimii aina ja kaikkialla. Positiivinen ja negatiivinen valinta muokkaa kaikkea, joten kaikella DNA:n sisällöllä on toiminto. Muutenhan luonnonvalinta olisi poistanut ne ajat sitten. Ääriadaptationistien maailmassa perimä olisi ollut virtaviivainen ja tehokas. Ei ollut. Taitavat kreationistit ottaisivat relevantin näkökulman roska-DNA:han ja kiusaisivat sillä adaptationisteja.

Roska-DNA:n sitkeä säilyminen raivasi lisää elintilaa neutraaliteorialle.

Kun seuraavan kerran kuulet tai näet kuinka kreationisti väittää darwinismin hidastaneen roska-DNA:n tutkimista, niin huomauta miten asiat oikeasti ovat. Laita heidät lukemaan 70-luvun tekstejä roska-DNA:n toiminnoista. Vastaavia pohdintoja esitettiin kaikkina sitä seuranneina vuosikymmeninä.

Jos kreationisti on väittämässä, että kaikella roska-DNA:lla on toimintoja, niin hänen pitää selittää miksi sipuli tarvitsee viisi kertaa enemmän ei-koodaavaa perimää kuin ihminen.

3 comments:

Otto said...

Kreationistien on tietenkin tiedostettava, ettei kaikkea proteiineiksi koodaamatonta DNA:ta ole pidetty 70-luvullakaan roskana, mutta olisi naiivia kuvitella että silloin olisi ollut helppoa väittää että reilusti suurin osa proteiineja koodaamattomasta aineksesta olisi toiminnallista.

Kuinka luotettavaa on ylipäätään testata pätkän toimimattomuutta sen poistamista esimerkiksi laboratoriohiirillä? Voihan umpilisäkkeenkin amputoida, mutta huonon hygienian maissa se voi olla elintärkeä bakteeriflooran säilymiselle jos iskee paha ripuli.

Yksi relevantti näkökulma aiheeseen:
http://www.evolutionnews.org/2009/10/how_the_junk_dna_hypothesis_ha.html

Anonymous said...

Käsitys jonkin funktionaalisuudesta riippuu siitä, mitä funktiona pidetään. Ohno ei ole sama asia kuin roska-DNA:han liittyneet näkemykset, joita aikoinaan oli. Niinhän siinä yleensä käy, että mitä kauemmas mennään, sitä kauemmas mennään. Tarkoitan sitä, että tutkimuksissa kirjoitettiin fiksusti. Mutta oppikirjoissa ja kouluissa opetettiin sitten taas yksinkertaistuksia. Suomenkin monissa kouluissa opetettiin, ettei ns. roska-DNA tee mitään. Ja että se on turhaa.

Sittemmin on ilmennyt, että osa ns. roska-DNA:sta toimii mm. säätelyalueina. Osa taas tekee mitä tekee. Ja osan funktio on ehkä toimia sopeutumiskyvyn rakennusaineena 500 vuoden päästä.

Otto said...

Kun vielä evoluutioprosessi tuntuu noudattavan poltetun maan taktiikkaa, niin ei varmaan ole yhdellekään suunnitteluteorian tai kreationismin kannattajalle vaikea todeta että osa tavarasta voi tosiaan olla evoluutiosta johtuvaa roskaa, vaikka ajattelisikin sen olleen alunperin toiminnallista.