10.6.08

Behen hypoteesi pulassa?

New Scientist uutisoi bakteereissa havaittua muutosta. 20 vuotta sitten Richard Lenski aloitti kokeen Escherichia coli bakteereilla. Niistä perustettiin 12 populaatiota, joiden kehittymistä seurattiin. 500 sukupolven välein tehtiin pienen erän talteenotto ja pakastaminen. Näin voitaisiin tarkasti verrata miten geenit ovat muuttuneet vuosien saatossa. 44 000 sukupolvea myöhemmin Lenski on onnistunut havaitsemaan ainakin yhden hienon muutoksen.

31 500 sukupolven kohdalla Lenski havaitsi jotain erilaista. Eräs kanta pystyi käyttämään ravintona sitraattia. E. coli ei normaalisti pysty sellaiseen. Juuri kyvyttömyys käyttää sitraattia kertoo tutkijoille onko kyseessä E. coli vai joku muu bakteeri. Sitraattia käyttäneet mutantit levisivät ja monipuolistuivat.

Lenski halusi ottaa selvää miten muutos oli tapahtunut. Laskelmien mukaan kaikki yksinkertaiset mutaatiot olivat tapahtuneet useaan kertaan. Taustalla on siis jokin monimutkaisempi mutaatiotapahtuma. Lenski penkoi pakastintaan. Hän pystyi "kelaamaan" bakteerien evoluutiota. Jos sama populaatio - eikä muut populaatiot - kehittäisi uudelleen Cit+:ksi ristityn mutaation, niin sen selvittäminen olisi helppoa.

Vain alkuperäinen kanta kehitti Cit+ mutaation, ja vain 20 000 sukupolven jälkeisissä pakastenäytteissä. Tuon sukupolven jälkeen on tapahtunut jotain mikä mahdollisti Cit+ kehittymisen. Eri sukupolvien kohdalla ilmeni nousuja ja laskuja Cit+ yleisyydessä kannassa, joten selvästikin useampi mutaatio on vaikuttanut sen toimimiseen. Lenski ja hänen ryhmänsä ovat nyt työn touhussa. He yrittävät löytää Cit+:n tarkan kehityshistorian.

Sitä odotellessa Michael Behe on kirjoittanut Amazon-blogiinsa. Behellä onkin syytä kirjoitella, sillä Lenskin ryhmä näyttäisi havainneen sellaista jota ei pitäisi tapahtua. Puolustuspuheessa esitetään seuraavaa; evoluutio rakentaa tuhoamalla rakenteita, Cit+ ilmestyminen oikeasti olekaan kovin ihmeellistä, sillä kaikki tarvittavat osat olivat jo olemassa. Edge of Evolution-kirjassa esitetty pääargumentti ei myöskään ole uhattuna Lenskin työn takia:

I think the results fit a lot more easily into the viewpoint of The Edge of Evolution. One of the major points of the book was that if only one mutation is needed to confer some ability, then Darwinian evolution has little problem finding it. But if more than one is needed, the probability of getting all the right ones grows exponentially worse. “If two mutations have to occur before there is a net beneficial effect — if an intermediate state is harmful, or less fit than the starting state — then there is already a big evolutionary problem.” (4) And what if more than two are needed? The task quickly gets out of reach of random mutation.


Sattumanvaraiset mutaatiot eivät riitä kun tarvitaan enemmän kuin kaksi mutaatiota. Koska tällaiset mutaatiosarjat ovat todella epätodennäköisiä, on evoluutio pulassa. Behe itse kiteyttää asiat näin:

In The Edge of Evolution I had argued that the extreme rarity of the development of chloroquine resistance in malaria was likely the result of the need for several mutations to occur before the trait appeared. Even though the evolutionary literature contains discussions of multiple mutations (5), Darwinian reviewers drew back in horror, acted as if I had blasphemed, and argued desperately that a series of single beneficial mutations certainly could do the trick. Now here we have Richard Lenski affirming that the evolution of some pretty simple cellular features likely requires multiple mutations.


Behe vaatii, että useita mutaatioita vaativat muutokset ovat paha ongelma. Jopa "darwinistit" kauhistuivat miehen argumenttia. Nyt Lenski on vahvistanut, että solurakenteiden muutos vaatii useita mutaatioita. Joten Behe on oikeassa.

Mutta eikös Lenski ole vahvistanut, että evoluutio kykenee tuottamaan muutoksia solurakenteisiin? Jos bakteerikantojen tarkkailussa ei havaita Cit+ mutaatioiden ilmestymistä, niin evoluutio ei tuota merkittäviä muutoksia = evoluutio on pulassa. Jos bakteerikantojen tarkkailussa havaitaan Cit+ mutaatioiden ilmestymistä, niin Behen arvio useiden mutaatioiden tarpeesta on oikeassa = evoluutio on pulassa.

Kruuna; Behe voittaa, Klaava; Darwinistit häviävät.

Tarina etenee vasta sitten, kun Cit+:n kehitys on paremmin selvillä.

8 comments:

Anonymous said...

"Mutta eikös Lenski ole vahvistanut, että evoluutio kykenee tuottamaan muutoksia solurakenteisiin?"

Missä kohtaa Lenski osoitti, että "EVOLUUTIO" oli toimija, joka tuotti muutoksia solurakenteisiin?

Anonymous said...

Siinä kohtaa missä mutaatiot muokkasivat ja luonnonvalinta levitti muutoksia populaatiossa.

Paholaisen Asianajaja said...

Ehkä eka anonyymi halusi vihjailla, että Lenski on vain osoittanut ohjatun, eli älykkään suunnittelun, toimineen kokeessa.

Tuomo "Squirrel" Hämäläinen said...

Aivan, takana oli tunnettu ajattelu siitä, että jos ei tiedetä että jokin piirre ei syntyi, se johtuu siitä että se on Suunniteltu. Ja jos se syntyy, niin sitten sitä Suunnittelua on löydetty yllättävissä paikoissa. (Mikä minusta tarkoittaa sitä, että jos näin on, alkuperäinen lausunto siitä että "ei tiedetä että voisi syntyä ohjaamatta" on irrelevantti.)

Valitettavasti he eivät osoita että jokin evoluution ulkopuolinen taho olisi vaikuttanut kokeeseen, eivätkä he kai "mikroevoluution prosesseja" sentään kiistä. Tällöin okhamin partaveitsi sopivasti leikkaa tilanteen pois. ID -läinen voi toki saivarrella, että se tarkoittaa että "todennäköisemmin tosi", mutta unohtaa että tieteessä "paras teoria" on aina jollain tavalla todennäköisyyksiin sidottu. (On perustellumpi kuin toinen.)

Olemassaolemattomuutta ei voida todistaa, joten ID:läiset voivat jatkaa ikuisesti saivarteluaan. He voivat ikuisesti sanoa "voi olla" ja "musta näyttää". Minusta, vaikka tieteessä on mitä erilaisempia eri luokituksia, mikään niistä ei salli tuota tieteeksi.. Eli tulos: Ainakaan toistaiseksi ID:läisiltä ei ole löytynyt tapaa, jolla he erottavat ohjaamattoman evoluution ja ohjatun evoluution tulokset toisistaan. Nyt on vain väite että se liittyy tiettyihin piirteisiin. Ja tätä liitosta ei voida mitenkään testata ja koetella empiirisesti. Eli liitos on pohjimmiltaan vain väite "minä näen/koen".

Tuomo "Squirrel" Hämäläinen said...

Korostin siis sitä, että ohjattu sisältää elementin, joka ohjaamattomassa puuttuu. Jotta voisi perustellusti sanoa että Lenskin ilmiön takana on ohjattu evoluutio, "mutaatiot vaativat mutatorin" -malliin, tulisi jotenkin osoittaa että näin on. Tässä kohden todistustaakka on kiistattomasti ID:läisen puolella, koska hän itse väittää että takana on jotain lisää (ohjaamattoman ja ohjatun evoluution ero ei ole evoluutiossa, vaan ohjauksessa), jota toinen taho väittää että ei ole, ja toinen taho väittää että on.

Muistelen kuitenkin vielä sitä, kuinka ID:läiset ovat rempseästi väittäneet että jos noita rakenteita tuotetaan labrassa, niin kyllä se heidän näkemys vaan niin nätisti falsifioituu, ja tällä pyrkivät osoittamaan kaikille, että ID on tiedettä, oikein falsifiointikriteerejä ja kaikkia oli tarjolla.

Tuohon aikaan oli vielä seuraavankaltaisia yhtäläisyysmerkkejä: Ei voi syntyä evoluutiolla = ei vähittäin = ei havaita labrassa. Kun aikanani ihmettelin että eikö tuo voisi mennä tuohon "takana on jotain muuta", minua syytettiin saivartelusta ja naurettavista esimerkeistä.

Nyt ei kuitenkaan ole voittajafiilis. Toki mieli on muutoin huvittunut.

Anonymous said...

Lähinnä viittasin siihen, kuinka "evoluutiosta" yhtäkkiä tehtiin subjekti jollekin tapahtumalle.

Mitä e. colille "syntyneeseen" sitraatti-juttuun tulee, niin todennäköisin selitys sille on se, että e. colilla on ollut tämä ominaisuus, tosin käyttökelvottomaksi rappeutuneena jo valmiina.

E. colin katsotaan olevan samaa alkuperää kuin muiden tavallisten bakteerienkin, ja niistä suurella osalla tämä kyky on yhä tallella. Siksi on perusteltua olettaa, että e. colillakin on vielä perimässään jäänteitä tämän ominaisuuden tuottamiseksi.

Kun mutaatio tai muutama sellainen osuu sopiviin paikkoihin, toimintakyvyttömäksi muuttunut ominaisuus voi joskus palata. Näin on ehkä tapahtunut tällä kertaakin. Tai ainakin se tuntuisi todennäköisimmältä selitykseltä tähän asti saatujen tietojen pohjalta.

Tuomo "Squirrel" Hämäläinen said...

"Mitä e. colille "syntyneeseen" sitraatti-juttuun tulee, niin todennäköisin selitys sille on se, että e. colilla on ollut tämä ominaisuus, tosin käyttökelvottomaksi rappeutuneena jo valmiina."

Kysymys 1: Mitä evidenssiä sinulla on väitteellesi tuosta? Tuo on tuossa muodossaan pelkkä "cofounding factor in gap". Eli mahdollinen, mutta ei evidenssiperustainen väite, jonka tappaa ilmiö nimeltä "Humen giljotiini". "Voi ollaa" ilman testaamista ja falsifiointimahdollisuutta (millä testillä falsifioit tuollaisen = mikä eksakti testi osoittaisi että jossain ei ole ollut jotain asiaa jota siellä ei ollut ajanhetkellä X. Ja tässä ei ole kysymys "siitä, onko" vaan siitä että "cherry pickaamiseen" ja turhaan saivarteluun jonka merkitystä ei voida arvoida empiirisesti - Eli annetaan tilaa, kun asetetaan itsensä asemaan jossa "voin pitää pätevänä kun tätä falsifioimattomissa olevaa juttua X ei ole falsifioitu". Eli haiskahtaa pelkältä uskovaisen maalin siirtelyltä ja väistöliikkeeltä, jolla ei tieteen ja empirian kanssa ole mitään tekemistä.)

Kysymys 2: Mitä väliä on sillä, jos geeni X on ollut aikaisemmin vai ei? Jos esimerkiksi Barry Hall deletoi geenin X, jonka saa sitten rakentumaan uudestaan, miksi se olisi jotenkin merkittävää onko se ominaisuus ollut aikaisemmin olemassa vai ei? Miksi ominaisuuden synnyn mahdottomuus ja vaikeus evolutiivisesti olisi tässä tapauksessa jotenkin riippuvainen siitä oliko esimerkiksi 4000 vuotta sitten Araratvuoren huipulla Nooan arkin kynnykseen kompastuneella ja niskansa taittaneella -ja tätä kautta perusryhmänsä sukupuuttoon tappaneella- tyrannosaurus Rexillä sama ominaisuus vai ei?

PS:
Uskallan kuitenkin väittää että tässäkin taidetaan ÄS +kretiinilinjoilla laskeskella vain -jos siis tuuri käy, jos ei käy niin ei edes tätä- tuon yhden sitraatin hajottamisjutun todennäköisyyksiä- eli ei lasketakaan itse ominaisuuden syntytodennäköisyyttä vaan juuri tuon toteutuneen syntytodennäköisyyden, jotka ovat eri asia..

Tuomo "Squirrel" Hämäläinen said...

On muuten jännittävää että jos muuttumaton vaatii palautumiseen monta mutaatiota, se ei ole evoluutiolle ongelma, jos ajatellaan "takaisinmutatoitumista", mutta heti "usea juuri tiettyyn paikkaan osuva mutaatio" muutoin on tietysti "naula darwinistien arkkuun."